Chercheur en modélisation du microenvironnement tumoral - h/f

Description entreprise :

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales.

Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière.

Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle. L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Description du poste :

A propos de la structure :

L’IRCM développe des recherches cognitives, multidisciplinaires et appliquées dans le domaine de la cancérologie. Ces recherches impliquent des chercheurs et des cliniciens et visent à comprendre les différentes étapes de la tumorigénèse, et in fine, à identifier de nouvelles stratégies diagnostiques et thérapeutiques contre le cancer. Le thème fédérateur de l’Institut est, « Cibles moléculaires et thérapie des cancers, Découverte, Biologie et Applications Cliniques ». Sous la tutelle conjointe de l'Inserm, de l'ICM et de l'Université de Montpellier, l'IRCM rassemble aujourd'hui plus de 290 personnes, chercheurs, cliniciens, techniciens et étudiants, organisés en 19 équipes de recherche qui s'appuient sur des plateaux techniques et des services supports compétents.

Mission principale :

L’équipe Bioinformatique et biologie des systèmes du cancer recherche un(e) chercheur(se) postdoctoral(e) talentueux(se) pour rejoindre un projet interdisciplinaire à l’interface entre biologie du cancer, omiques spatiales et intelligence artificielle.

Les tumeurs reprogramment profondément leur microenvironnement, entraînant des altérations de nombreux réseaux cellulaires et moléculaires. Dans ce projet, nous souhaitons cartographier ces perturbations afin de mieux comprendre l’hétérogénéité du microenvironnement tumoral et d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles . Le projet portera sur les cancers du sein et colorectaux , avec une attention particulière accordée aux voies métaboliques et à leur organisation spatiale .

Différentes modalités de données seront étudiées, avec une approche privilégiée combinant transcriptomique spatiale et métabolomique ciblée . En fonction de la disponibilité des données et des questions biologiques abordées, le projet pourra également s’appuyer sur des analyses moléculaires en vrac ( bulk ) ainsi que sur des données de transcriptomique spatiale sans métabolomique appariée.

La personne recrutée développera principalement des approches d’apprentissage profond explicables basées sur les graphes . Ce projet sera mené en étroite collaboration avec des chercheurs expérimentateurs et cliniciens spécialistes de la biologie des cancers du sein et colorectaux, offrant ainsi un environnement fortement interdisciplinaire pour le développement et la validation de nouvelles approches computationnelles.

Profil recherché :

Activités principales :

• Développment et implémentation de modèles
• Application de ces modèles en collaboration avec des biologistes
• Rédaction scientifique et présentation de travaux

Spécificité(s) et environnement du poste :

• Travail sur écran dans un environnement de bureaux

Connaissances :

• Statistique computationnelle ou analyse numérique
• Apprentissage profond, notamment sur graphes
• Biologie moléculaire et cancer
• Programmation Python, utilisation de serveurs de calcul
• Bioinformatique

Savoir-faire :

• Rigueur scientifique
• Capacité à communiquer avec des spécialistes d’autres domaines scientifiques impliqués dans le projet

Aptitudes :

• Autonomie
• Esprit d’équipe

Expériences souhaités :

• Application et développement de méthodes en apprentissage profond, projet en lien avec la biologie moléculaire ou l’oncologie