Ingénieur-e en expertise manuelle d'annotation et analyse de structure de familles multigéniques chez le bananier et le riz

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte de travail

Les interactions des plantes avec leur environnement biotique et abiotique sont médiées par un très grand nombre de récepteurs. Une grande partie de ces récepteurs contiennent un domaine LRR (pour ‘Leucine Rich Repeat’) qui est le siège des interactions protéine-protéine. Parmi ces gènes, on retrouve la majorité des gènes de résistances aux pathogènes végétaux.
Ces gènes appartiennent à des familles multigéniques de très grandes tailles, contenant parfois plus de 1000 copies par génome et ils sont souvent organisés en cluster physique sur le génome. Parmi toutes ces copies, certaines contiennent des mutations de type ‘non-sens’, c’est-à-dire qu’elles ne sont vraisemblablement plus fonctionnelles. L’ensemble de ces caractéristiques les rendent très difficiles à annoter par les outils d’annotation automatiques, ce qui rend les analyses fonctionnelles et évolutives à l’échelle des génomes complets, difficiles et potentiellement biaisées.
Au sein de l’équipe, nous avons développé un pipeline dédié spécifiquement à l’annotation de ces gènes, qui tient compte de leurs caractéristiques. Le pipeline propose une approche comparative de l’annotation et son efficacité repose sur la constitution d’une base de données de gènes expertisés la plus complète possible.

Missions
Vous serez chargé.e de conduire l’expertise manuelle de l’annotation nombreux gènes de type récepteurs à domaine LRR et d’analyser ces gènes dans une approche comparative interspécifique. Pour cela vous devrez vous reposer sur vos connaissances en génétique et génomique évolutive pour (1) réaliser l’expertise de plusieurs NLR, LRR-RLK et LRR-RLP dans le génome de référence du bananier et dans plusieurs génomes de riz (Oryza rufipogon et Oryza sativa indica) et (2) analyser l’ensemble de ces familles (alignement, phylogénie et constitution d’orthogroupes), support pour les analyses évolutives menées dans l’équipe.

Activités techniques
• Exploiter les ressources génomiques de bananiers et de riz disponibles (génomes complets, premières versions automatiques de l’annotation, données RNA-Seq) pour expertiser un ensemble de gènes qui seront choisis sur des critères de diversité, de localisation, et de structure, et qui seront ajoutés à la base de données utilisée par le pipeline.
• Utiliser les prédictions faites, conjointement à celles qui sont déjà disponibles, pour réaliser des analyses de structures de ces familles multigéniques (nombre d’orthogroupes, dynamique évolutive …).
• Apporter votre expertise pour guider le travail d’amélioration du pipeline développé dans l’unité pour gagner en efficacité de prédiction automatique et réduire l’écart entre prédiction automatique et expertise manuelle.

Environnement de travail

Les travaux seront principalement réalisés au sein de l’unité de recherche AGAP Institut qui mène des recherches sur l’amélioration génétique et l’adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales. Vous serez rattaché à l’équipes GE2pop (Génomique évolutive et gestion des populations) à Montpellier. Vous bénéficierez de l'appui et de l'expérience de généticiens, génomiciens, et bioinformaticiens de l’unité.

Conditions particulières d'exercice

Travail sur écran + 4h

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Diplômes et formation requis

Titulaire d'un doctorat en génétique et génomique en lien avec les interactions plante-pathogène et/ou l’amélioration des plantes

Rémunération entre 2815 € et 4563 € brut/mois selons l'expérience professionnelle

Début de contrat à partir du 1er septembre 2026 pour une durée de 13 mois.

Connaissances
• Expérience en expertise d’annotation structurale chez les plantes indispensable
• Connaissance en bioinformatique : connaissance des annotations structurales des gènes, expérience des manipulations de fichiers (génomes entiers, gros jeux de données de séquences) ainsi que des outils de comparaisons de séquences (BLAST, alignement …), travail sur cluster de calcul.
• Formation en génomique évolutive requise : maitrise des concepts et outils de comparai-son de séquences, d’alignement de séquence, et de reconstruction phylogénétique
• La connaissance des génomes des monocotylédones telles que le bananier et le riz seront indéniablement un atout.

Connaissances complémentaires
• Connaissance des génomes des plantes

Compétences comportementales
• Capacités organisationnelles
• Capacités relationnelles et d’adaptation à différents contextes
• Intérêt pour le travail en équipe
• Créativité et esprit d'initiative

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation , conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr