Ingénieur d'etudes en gestion et analyse de données de cytométrie - h/f

Description entreprise :

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Description du poste :

Labellisé en mai 2023, l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Immun4Cure est le fruit de la
collaboration entre l’Inserm, le CHU de Montpellier et l’Université de Montpellier. Il incarne
une initiative novatrice rassemblant 15 équipes mixtes de recherche et plus de 200 personnels de recherche. Centré sur la polyarthrite rhumatoïde, le lupus et la sclérodermie, les objectifs sont

• Comprendre et modéliser la réponse immunitaire à partir de modèles pré-cliniques humanisés
• Proposer un parcours de soins optimisé et dédié aux maladies auto-immunes systémiques
• Favoriser l'accessibilité aux thérapies curatives par le développement de stratégies basées sur les technologies ARN
• Favoriser la formation et développer une école de santé de biotechnologies et applications en santé

Mission principale :

L’ingénieur·e d’études recruté·e participera à la mise en œuvre, à l’exploitation et au maintien de pipelines de traitement de données de cytométrie en flux , en lien étroit avec la plateforme de cytométrie et les bioinformaticiens de l’IHU Immun4Cure.

Il/elle contribuera à l’alimentation, la structuration et la qualité des données de cytométrie dans la base de données centrale de l’IHU, ainsi qu’au suivi des traitements automatisés.
Selon l’expérience acquise, il/elle pourra être amené·e à participer à l’ analyse exploratoire de jeux de données de cytométrie , en appui aux projets de recherche des équipes.

Activités principales :

• Développer et déployer des pipelines automatisés de traitement de données de cytométrie en flux, en s’appuyant sur des logiciels constructeurs et des outils open source.
• Intégrer ces pipelines à l’infrastructure multimodale de l’IHU :

alimentation de la base de données centrale,

gestion de l’architecture de stockage des données,

suivi des versions logicielles et des bases de référence.

• Contribuer à la conception et à l’évolution de la base de données dédiée aux données de cytométrie.
• Mettre en place des procédures et outils de contrôle qualité, avec enregistrement d’indicateurs dans la base centrale.
• Produire les logs, métadonnées et la documentation technique nécessaires à l’assurance qualité et au suivi des traitements.
• Participer aux réunions de coordination avec les bioinformaticiens et la plateforme de cytométrie.

Spécificité(s) et environnement du poste :

• Poste au sein de l’ IHU Immun4Cure , fondation hébergée par la Fondation Inserm, labellisée France 2030.
• Environnement scientifique pluridisciplinaire associant recherche fondamentale, clinique et innovation technologique.
• Collaboration étroite avec : la plateforme de séquençage en cellules uniques, la plateforme IMGT, les bioinformaticiens et informaticiens de l’IHU.

Profil recherché :

Connaissances :

• Programmation en Python et R.
• Statistiques et algorithmique (statistiques multivariées, notions de machine learning).
• Principes de la cytométrie en flux ; des notions en séquençage en cellules uniques ou spatial seraient appréciées.
• Bases en immunologie.

Savoir-faire :

• Développement et automatisation de pipelines de traitement de données protéomiques.
• Intégration de données dans des bases de données complexes.
• Mise en œuvre de procédures de contrôle qualité des données.
• Gestion des versions logicielles et des référentiels.
• Rédaction de documentation technique.

Aptitudes :

• Capacité à interagir avec des biologistes, cliniciens et chercheurs.
• Goût pour le travail en équipe pluridisciplinaire.
• Rigueur, sens de l’organisation et transparence.
• Autonomie, sens des responsabilités et implication.

Expérience(s) souhaité(s) :

• Expérience en bioinformatique et/ou analyse de données de cytométrie. Une expérience sur des plateformes de cytométrie ou dans un contexte immunologique serait un atout.