Post-doctorant·e en transcriptomique et signalisation systémique de l’azote chez les plantes (H/F)

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli·e à l’Institut des Sciences des Plantes de Montpellier (IPSiM, UMR 5004) au sein de l’équipe travaillant sur la signalisation systémique et la nutrition des plantes. Vous participerez au projet franco-autrichien LeafNit, financé par l’ANR et le FWF et coordonné en France par Sandrine Ruffel à IPSiM et en Autriche par Eva Benková à l’Institute of Science and Technology Austria (ISTA). Le projet vise à comprendre comment les cytokinines produites en réponse à la disponibilité en nitrate sont perçues et intégrées dans les feuilles matures, puis comment cette information est utilisée pour coordonner à distance l’activité des racines. Il combine génétique moléculaire, transcriptomique dynamique, physiologie végétale et approches métabolomiques. La personne recrutée jouera un rôle central dans le projet consacré au décodage transcriptionnel de la signalisation systémique de l’azote et sur le dialogue entre signalisation par les cytokinines et métabolisme.

Ses principales missions seront : conduire des expériences de transcriptomique dynamique sur des feuilles matures d’Arabidopsis thaliana soumises à des disponibilités homogènes ou hétérogènes en nitrate ; comparer des plantes sauvages et différents mutants de la voie de signalisation des cytokinines ; participer à l’analyse des données RNA-seq et à la reconstruction de réseaux de régulation génique ; sélectionner et valider expérimentalement les principaux régulateurs identifiés par RT-qPCR, génétique inverse et approches de physiologie moléculaire ; caractériser leur rôle dans les réponses systémiques des racines au moyen notamment du système split-root, de mesures de développement racinaire et de transport du nitrate ; et contribuer à l’intégration des résultats transcriptomiques avec les données métabolomiques et hormonales produites dans le projet.

Le travail sera réalisé dans un environnement fortement collaboratif associant des spécialistes de la nutrition végétale, de la biologie des systèmes, de la génétique, de la biochimie et de la métabolomique. IPSiM dispose des infrastructures nécessaires à la culture contrôlée et hydroponique d’Arabidopsis, aux analyses moléculaires et physiologiques ainsi qu’aux analyses isotopiques et métaboliques. Le projet prévoit également une collaboration étroite et des échanges scientifiques avec l’équipe d’Eva Benková à ISTA.

Le poste est basé à l’IPSiM à Montpellier. Les activités associeront expérimentation en laboratoire, culture de plantes en conditions contrôlées et analyse de données. Le projet implique l’utilisation de matériel végétal génétiquement modifié dans le respect des procédures en vigueur. Des missions ponctuelles en Autriche à ISTA pourront être réalisées dans le cadre de la collaboration franco-autrichienne, ainsi que des déplacements pour présenter les résultats lors de congrès scientifiques internationaux. Le projet prévoit explicitement des échanges et formations réciproques des chercheurs postdoctoraux entre les deux laboratoires.

Formations et compétences recherchées

Doctorat

Doctorat en biologie végétale, biologie moléculaire, génomique, physiologie végétale. Une 1 ère expérience post-doctorale n’est pas indispensable.

Les candidats devront être titulaires d’un doctorat en biologie végétale, biologie moléculaire, génomique ou physiologie végétale. Une solide expérience en biologie moléculaire et en analyse de données transcriptomiques/RNA-seq est particulièrement recherchée. Une pratique de R et des outils couramment utilisés pour l’analyse de données d’expression génique sera appréciée. Une expérience en génétique moléculaire végétale, RT-qPCR, clonage, génotypage et/ou manipulation d’Arabidopsis thaliana constituera un atout. Une expérience des analyses transcriptomiques dynamiques, de la reconstruction de réseaux de régulation génique ou de l’intégration de données omiques sera particulièrement appréciée. Des connaissances en physiologie et nutrition végétales, ainsi qu’une expérience en métabolomique ou dans l’analyse de métabolites, seront également appréciées mais ne constituent pas un prérequis. La personne recrutée devra faire preuve d’autonomie expérimentale et analytique, de capacités d’organisation et d’analyse critique, et avoir un goût marqué pour le travail collaboratif et interdisciplinaire. De bonnes capacités de communication et de rédaction scientifique sont attendues. Une bonne maîtrise de l’anglais scientifique, oral et écrit, est indispensable compte tenu du caractère international du projet.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation , conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr