Technicien.ne en biologie : étude du microbiote de la vigne et de la résistance de la vigne au Botrytis

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales , implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte scientifique de travail

La création de nouvelles variétés mieux adaptées au changement climatique, mais également plus respectueuses de l’environnement est une priorité pour la filière viticole.
Depuis plusieurs années, les concepts d’holobionte et de microbiote se sont développées chez les plantes. Il s’agit de l’ensemble des micro-organismes en interaction avec les plantes et qui peuvent avoir des effets positifs notamment la protection des plantes vis-à-vis d’agents pathogènes, rendant la plante moins sensible, et donc moins dépendante des produits phytosanitaires. Des travaux de recherches ont débuté dans l’équipe DAAV de l’UMR AGAP en 2017 avec une première étude du microbiome de la vigne visant à identifier les principaux facteurs influençant le microbiote foliaire (phyllosphère) et de la baie de raisin (carposphère)1. Si le facteur le plus important façonnant le microbiote est l’environnement, le génotype de la plante a lui aussi un effet dans un environnement donné. Nous souhaitons aller plus loin pour identifier des traits morphologiques, anatomiques, phénologiques ou physiologiques de la vigne au niveau de la feuille qui favorisent le recrutement de micro-organismes, notamment des micro-organismes protecteurs contre le mildiou, maladie importante de la vigne causant des dommages très important.
Ce travail est réalisé dans le cadre du programme de recherche PARSADA « Get-Up », qui a pour objectif de développer des stratégies de biocontrôle du mildiou, basées sur la gestion du microbiote de la vigne2.
Par ailleurs, l’équipe DAAV est également impliquée dans le projet Européen GrapeBreed4IPM3 et plus particulièrement dans la tâche de caractérisation des bases génétiques de la résistance à la pourriture grise chez la vigne. La pourriture grise est causée par le champignon Botrytis cinerea qui cause des dégâts notamment sur les baies. Un élément important de la sensibilité au botrytis est l’épaisseur de la pellicule de la baie de raisin et sa perméabilité. La perméabilité de la pellicule des baies, barrière cruciale contre le Botrytis, mesurée à l'aide de capteurs d'impédance, peut être utilisée comme indicateur de la résistance à l'infection par Botrytis cinerea 4

1 Voir Singh et al, 2018. doi:10.3390/microorganisms6040096, Singh et al, 2018.
2
3
4 Herzog et al. (2022):

MISSIONS ET ACTIVITES

L’analyse du microbiote de la vigne sera réalisée par la méthode de métabacoding. Les micro-organismes présents sur la feuille seront recueillis, les ADN extraits et nous amplifierons par PCR des régions du génome particulier des champignons et bactéries. Les produits d’amplification sont ensuite analysés par séquençage.
Un échantillon de 100 à 150 variétés de vigne sera défini, sur lequel nous analyserons le microbiote à deux périodes : début avril et fin juin. Vous serez plus particulièrement en charge de :
-Participer aux campagnes d’échantillonnage
-Gérer le stockage des échantillons et leur préparation
-Extraire les ADN et ARN et réaliser les PCR
-Contribuer à l’organisation du laboratoire de l’équipe d’accueil, participer aux animations et partager vos connaissances et vos compétences .

◼ La mesure de l’impédance de la pellicule de la baie de raisin sera réalisée à l’aide d’un appareil fabriqué par nos collègues du projet GrapeBreeed4IPM. Elle se fait sur baies isolées, récoltées à maturité.
◼ Un échantillon de 279 variétés de vigne a été défini, sur lequel nous analyserons l’impédance à maturité (Aout/septembre). En parallèle, la sensibilité au Botrytis sera également analysée in vitro sur le plateau de mycologie de l’UMR AGAP. Vous serez plus particulièrement en charge de :
-Participer aux campagnes d’échantillonnage
-Mesurer l’impédance sur un échantillon de baies de chaque cépage
-Réaliser les tests en laboratoire de sensibilité au Botrytis
-Contribuer à l’organisation du laboratoire de l’équipe d’accueil, participer aux animations et partager vos connaissances et vos compétences.

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe DAAV (Diversité Adaptation et Amélioration de la vigne) de l’UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP institut). Vous réaliserez votre activité dans les locaux de l’UMR AGAP Institut, situés avenue Agropolis, sur le campus CIRAD et rue A. Young, dans lebâtiment ARCAD à Montpellier. Vous serez placé.e sous la responsabilité hiérarchique de Patrice This, responsable scientifique pour l’équipe de ces 2 projets et sous l’encadrement scientifique d’un ingénieur de recherche qui sera recruté également dans le cadre du projet Get-UP et d’une ingénieure d’étude pour le projet sur le Botrytis.

◼ Conditions particulières d’activité : prélèvements sur le terrain (site à définir) : travail de laboratoire en milieu stérile

Formations et compétences recherchées

BTS/DUT (Bac+2)

◼ Formation recommandée : BTS, BUT ou licence pro ou équivalent, sciences et techniques de laboratoire
◼ Compétences en biologie moléculaire, éventuellement en mycologie
◼ Une expérience en laboratoire de biologie moléculaire et/ou de mycologie sera un plus
◼ Connaissances souhaitées : connaissances en biologie, sur les protocoles d’extraction d’ADN et PCR, le travail en condition stérile sous hotte,
◼ Aptitudes recherchées : Rigueur et sens de l’organisation, motivation, esprit d’équipe et bon relationnel.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation , conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publique notamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques. > En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr