Ingénieur en bio-informatique (F/H)

À propos de nous Une université d'excellence Université de recherche intensive, leader mondial en écologie, l'Université de Montpellier est un établissement public expérimental qui figure dans le top 200 du classement de Shanghai. Elle couvre plusieurs champs disciplinaires sciences et techniques, droit, économie, environnement, administration, gestion, médecine, pharmacie, activités physiques et sportives, biologie, informatique, sciences de l'éducation, science politique. Elle a obtenu en 2022 la labellisation I-SITE (Initiative Science Innovation Territoires Economie) qui associe 15 partenaires de recherche et d'innovation du territoire. Ce Programme d'Excellence (PEI) porté par l'Université de Montpellier s'articule autour des enjeux "Nourrir, Soigner, Protéger" et s'appuie sur tous les domaines scientifiques de l'Université et de ses partenaires. Elle coordonne le Pôle Universitaire d'Innovation (PUI). Une université engagée Vigilante envers toutes formes de discriminations, l'Université de Montpellier est engagée pour la promotion de la diversité, l'égalité entre femmes et hommes et pour l'inclusion des personnes en situation de handicap. Elle est attachée aux fondements du service public, à la laïcité, à l'égalité des chances et à l'accès de tous aux savoirs. Elle promeut les valeurs académiques telles que l'éthique, l'intégrité scientifique et la liberté universitaire. L'UM place enfin le développement durable au cœur de sa politique et de son savoir-vivre. Une démarche saluée par le palmarès du Times Higher Education qui la place en tête des universités françaises les plus performantes en terme de développement durable. Dans le cadre de ses engagements, l'université promeut le CV sans photographie. Structure de rattachement : Physiologie et Médecine Expérimentale du cœur et des muscles (PhyMedExp) Environnement de travail : L'Unité de Recherche PhyMedExp - Physiologie et médecine expérimentale du cœur et des muscles, a été labellisée « Pôle Stratégique » par l'AFM-Téléthon (MYOccitanie) pour une durée de 5 ans. Dans ce contexte, un programme de recherche structurant englobant la totalité des thématiques de recherche du laboratoire est mis en place. Mission Intitulé du projet : MYOccitanie Acronyme du projet : MYOccitanie Durée globale du projet : 5 ans Description sommaire du projet : MYOccitanie a comme objectif d'accélérer la compréhension des maladies neuromusculaires, cardiaques, respiratoires, digestives, en s'appuyant sur la collaboration étroite entre recherche fondamentale et recherche clinique et au bénéfice des patients. MYOccitanie s'articule autour de 3 axes dont les objectifs sont de :

• Comprendre les mécanismes physiopathologiques à l'origine des atteintes musculaires, cardiaques, respiratoires et digestives.
• Établir des corrélations génotype‑phénotype sur des cohortes de patients.
• Développer des modèles expérimentaux humains innovants
• Identifier des biomarqueurs diagnostiques et pronostiques
• Tester des approches thérapeutiques innovantes

Mission principale : Le candidat jouera un rôle clé dans l'analyse de divers transcriptomes, incluant le RNA‑seq, le single‑cell / single‑nucleus RNA‑seq (scRNA‑seq), ainsi que des données épigénomiques, dans le cadre du projet MYOccitanie. Ce poste offre une opportunité stimulante de contribuer à des recherches de pointe visant à comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans les myopathies et maladies rares. Définitions des tâches à accomplir :

• Analyser les données RNA‑seq et scRNA‑seq pour identifier les gènes différentiellement exprimés, les événements de splicing alternatif et les profils d'expression spécifiques à certains types cellulaires.
• Réaliser des analyses intégratives de différents types de données afin d'élucider les réseaux régulateurs et les modifications épigénétiques associées aux myopathies :

• Transcriptomique (RNA‑seq, small RNA‑seq, single‑cell RNA‑seq),
• Architecture chromatinienne et épigénomique (ChIP‑seq, single‑cell ATAC‑seq),
• Protéomique,

• Être capable d'intégrer les données dans des atlas établis, tels que le Human Cell Atlas.
• Intégrer les données dans des processus d'analyse fonctionnelle, tels que GO, CellPhoneDB, KEGG, entre autres
• Développer et mettre en œuvre des pipelines et outils bioinformatiques pour le traitement, le contrôle qualité et l'analyse de jeux de données omiques à grande échelle.
• Collaborer étroitement avec les chercheurs et les cliniciens pour concevoir des expériences, interpréter les résultats et favoriser les découvertes scientifiques.
• Assurer une veille scientifique et intégrer les dernières avancées en bioinformatique et génomique ; contribuer à la communauté scientifique par des publications et présentations.
• Participer à la gestion de l'infrastructure informatique et de stockage (archivage, espaces d'accès aux données).

Description précise de l'évènement ou du résultat objectif déterminant la fin de la relation contractuelle ainsi que les modalités d'évaluation et de contrôle de ce résultat : À la fin de son contrat, l'agent remettra un rapport final de synthèse présentant les analyses bio-informatiques effectuées, les outils et pipelines développés, ainsi que les résultats obtenus dans le cadre du projet MYOccitanie. Ce rapport précisera l'état d'avancement au regard du cahier des charges initial et les contributions scientifiques majeures. L'évaluation finale sera réalisée sur la base de ce rapport et des éléments recueillis lors des réunions de suivi avec le supérieur hiérarchique. Profil Qualifications / Domaine de formation demandé :

• Doctorat (PhD) en bioinformatique, biologie computationnelle, informatique, ou domaine connexe.
• Solide expérience en bioinformatique et génomique, incluant l'analyse de données RNA‑seq, scRNA‑seq et/ou épigénomiques.
• Maîtrise des langages de programmation couramment utilisés en bioinformatique, notamment Python et R.
• Expérience avec les outils et logiciels d'analyse omique : STAR, Salmon, Kallisto, DESeq2, RSEM, Seurat, etc.
• Bonne connaissance des méthodes statistiques pour l'analyse différentielle, l'analyse de voies biologiques et le clustering de données omiques.
• Excellentes compétences en communication et capacité à travailler efficacement dans un environnement multidisciplinaire.
• Preuves de productivité scientifique, incluant des publications dans des revues à comité de lecture.
• Une expérience dans le domaine des myopathies ou des troubles neuromusculaires est un atout, mais n'est pas obligatoire.

Rejoindre l'université de Montpellier, c'est bénéficier de nombreux avantages dans une région qui offre un cadre de vie qualitatif. Nos avantages :

• Dispositifs de développement des compétences : accès à une grande offre de formation, préparation aux concours internes
• Jusqu'à 46 jours de congés / an (pour un temps plein à 38h30)
• Temps de travail aménageable
• Jusqu'à 2 jours de télétravail / semaine (selon les modalités de la charte de TT applicable à l'UM)
• Restauration collective
• Aide et prestations sociales
• Prise en charge partielle des abonnements au transport de la ville
• Accès aux activités sportives, culturelles et de loisirs de l'université
• Soutien à la parentalité : club de loisirs pour enfant, partenariat de crèches, jours enfant-malade

Avantages dépendant de la nature et la durée du contrat, des nécessités de services et des conditions d'éligibilité Informations complémentaires : Rémunération : de 2405€ à 2925€ bruts mensuels, dont 220€ d'indemnité mensuelle des agents contractuels (prime) Prise de poste : Septembre Type de contrat : CDD de catégorie A Durée du contrat : 26 mois Clôture des candidatures : 24/04/2026