Ingénieur de recherche en bioanalyses et biostatistiques (H/F)

Date de clôture de réception de candidatures : 26/05/2026 Qui sommes-nous ? Le département IRSI est en charge des systèmes d'information — de gestion et de recherche — de l'Ifremer. A ce titre, il assure des services et réalise des projets dans le but de développer, programmer et renouveler l'ensemble des ressources informatiques, matérielles et logicielles, nécessaires :

• au fonctionnement général de l'Institut, à sa communication, interne et externe, et à la sécurité de ses systèmes d'information ;
• à la mise en œuvre des infrastructures de recherche dont l'Institut a la responsabilité ;
• à la gestion des données et informations scientifiques que l'Institut acquiert, rassemble, analyse ou diffuse en tant qu'institut national de référence en sciences et technologies marines.

Au sein du département IRSI, le SeBiMER est le service de bioinformatique de l'Ifremer, créé en 2019. Le SeBiMER accompagne les équipes de recherche de l'Ifremer dans leurs projets bioinformatiques, de la définition des questions scientifiques à la valorisation des résultats. Ses expertises couvrent notamment le métabarcoding, la métagénomique, la transcriptomique, l'assemblage et l'annotation de génomes. Le SeBiMER développe et maintien des workflows et outils bioinformatiques, administre la plateforme Galaxy de l'institut, et assure la gestion et la bancarisation des données bioinformatiques. Il propose également des formations, de l'assistance et un accompagnement scientifique aux utilisateur·ices de l'Institut. Placé sous la responsabilité du chef du service de bio-informatique (SeBiMER), vous viendrez renforcer l'équipe actuellement en place sur le centre Ifremer de Brest et Nantes. Vous serez localisé sur le site Montpelliérain, au sein de l'UMR IHPE sur le campus de l'Université de Montpellier, vous jouerez un rôle clé d'interface et d'animation bioinformatique auprès des unités de recherche du Centre Méditerranée, en assurant une présence scientifique proactive, en favorisant les échanges et en contribuant à la dynamique collective en lien avec le service SeBiMER. Quelle sera votre mission ?

• Vous participerez au traitement et à l'analyse de données omiques et multi-omiques (métabarcoding, transcriptomique, métabolomique, épigénétique, génomique), incluant des approches d'assemblage et d'annotation de génomes.
• Vous contribuerez à la conception des analyses en proposant des designs expérimentaux et des outils bioinformatiques et biostatistiques adaptés aux projets de recherche des unités du Centre Méditerranée.
• Vous contribuerez également à la valorisation des résultats ainsi qu'à la gestion et à la dissémination de ces données, en lien avec le reste du service SeBiMER.
• Vous participerez au montage de projets collaboratifs sur les thématiques des unités du Centre Méditerranée ainsi qu'à l'encadrement d'étudiant.e.s.
• Vous prendrez part activement à l'animation scientifique locale en bioinformatique, en favorisant l'émergence de projets, le partage de bonnes pratiques et la montée en compétences des équipes, tout en assurant un lien fonctionnel étroit avec le reste du SeBiMER.

Quelles seront vos activités ?

• Accompagnement des unités du Centre Méditerranée dans le montage, la réalisation et la valorisation des projets sur le volet bioinformatique :Participation aux réunions scientifiques ;
• Animation des échanges avec les biologistes ;
• Analyse, interprétation et synthèse des données obtenues ;
• Présentation des résultats ;
• Rédaction des comptes-rendus et rapports scientifiques ;
• Accompagnement et animation scientifique des équipes de recherche de l'Institut, en particulier du Centre Méditerranée, autour des approches bioinformatiques, notamment :En prenant en charge et/ou en participant au support des analyses de données de type génomique,[L1] épigénétique, génomique des populations et (meta-)transcriptomique en y apportant des solutions biostatistiques ;
• En sélectionnant et mettant au point des pipelines d'analyses adaptés aux projets, incluant notamment des approches d'assemblage et d'annotation de génomes, d'analyses multi-omiques et de traitement de données issues de communautés ;
• En contribuant à l'analyse de la diversité génétique et fonctionnelle, notamment via des approches de pangénomique et de génomique quantitative ;
• En préparant, coordonnant et animant des formations thématiques à destination des équipes de recherche ;
• En contribuant à la diffusion des bonnes pratiques de gestion des données omiques auprès des équipes de recherche ;
• En participant à la valorisation des résultats (publications scientifiques, conférences …) ;
• En participant à l'encadrement d'étudiant.e.s

Contribution aux missions du service de bioinformatique SeBiMER :

• Participation aux activités de bioanalyse, de support, de développement et de gestion de données ;
• Participation à un réseau d'interlocuteurs scientifiques national sur le volet bioinformatique ;
• Partage et mutualisation des méthodes d'analyse, des outils et des retours d'expérience ;

Avec qui travaillerez-vous ?

• En interne :Membres du SeBiMER, des autres services du département IRSI, notamment les équipes en charge du supercalculateur Datarmor et de la gestion de données SISMER ;
• Unités de recherche Ifremer, en premier lieu les unités du centre Méditerranée et scientifiques des UMRs qui collaborent avec l'Ifremer.

En externe : - Plateformes bio-informatiques françaises ; Comment postuler ? Merci de joindre votre CV et votre lettre de motivation, en un seul document pdf. Quels sont nos avantages ?

• Nous avons un accord de télétravail (à partir de 6 mois d'ancienneté) et nos collaborateurs bénéficient de 12 RTT et congés supra légaux.
• Nous consacrons un budget conséquent au développement des compétences, par des actions individuelles ou collectives.
• Nous sommes engagés dans une politique RSE inspirée des raisons d'être de l'institut (forfait mobilité durable)

Quelles sont les prochaines étapes ?

• Échange téléphonique ou en visioconférence pour préqualification
• Entretien, lors d'une commission de recrutement, avec plusieurs interlocuteurs techniques et RH
• Validation du dossier par le directeur du département

Qui êtes-vous ? Bac +8 en bioinformatique ou en biologie avec compétences en bioinformatique, de préférence. À défaut, Bac +5 avec plusieurs années d'expérience significative sur une plateforme de bioinformatique. Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

• Expertise en analyse de données génomique[L1] , épigénétique, génomique des populations, (meta-)transcriptomique
• Expertise en analyses multi-omiques permettant l'intégration de différentes approches omique en une seule analyse
• Expertise en biostatistiques
• Expérience en assemblage et annotation de génomes
• Connaissance en génomique comparative, incluant des approches de pangénomique
• Connaissances en biologie de l'évolution et biologie fonctionnelle
• · Notions en génomique quantitative
• Programmation : Python, R
• Scripting et workflows : maîtrise de Bash et connaissance de Nextflow ;
• Maîtrise des outils de gestion de version et de collaboration (Git, GitLab, issue tracking, documentation technique) ;
• Système d'exploitation Unix/Linux, connaissance des clusters de calcul ;
• Bon niveau d'anglais technique, lu et écrit.

Vous avez les qualités suivantes :

• Très bonne organisation et autonomie ;
• Aisance relationnelle et sens du service ;
• Capacité à travailler en équipe dans un contexte multi-tutelle et multi-site ;
• Bonnes aptitudes à la communication et à la présentation écrite (en français et en anglais) ;
• Capacité à animer un réseau d'interlocuteurs scientifiques dans un contexte multi-sites ;
• Aptitude à jouer un rôle fédérateur
• Esprit d'initiative et capacité de proposition ;
• Capacité à structurer, prioriser et porter des actions collectives.